Pośród przedmiotów, które możemy dostać od Omara Al-Jabbara w Algierze jest piłka baseballowa, podpisana rzekomo przez Lou Gehriga, sławnego zawodnika "New York Yankees" o pseudonimie "Żelazny Koń", grającego na pozycji "first baseman" w latach 1923-1939. Przy bliższym zbadaniu okaże się jednak, że piłka jest podpisana przez Rona Gilberta, czyli... jednego z bardziej znanych pracowników Lucasarts.

LucasArts znane było z tego, że chętnie umieszczało swoje logo wpasowane w lokacje swoich gier. Nie inaczej jest z Indiana Jones and the Fate of Atlantis, gdzie charakterystyczne logo LA możemy zobaczyć na ścianach kreteńskiego labiryntu.

Na tablicy ogłoszeniowej Uniwersytetu możemy znaleźć informację o projekcji filmu "39 kroków" ("The 39 Steps"). To film Alfreda Hitchcocka z 1935 roku, oparty na noweli Johna Buchana o tym samym tytule.

Kiedy grając w trybie "drużynowym" w hotelu w Monte Carlo zgasimy światło i użyjemy latarki, Indy zacznie się wygłupiać rzucając na ścianę cienie różnych zwierząt i parodiując Nur-Ab-Sala. Na koniec zobaczymy na ścianie samego królika Maxa, etatowego bohatera easter eggów w grach LucasArts.

Jeśli zdecydujemy się podążać samodzielnie ścieżką rozumu, to przy drugiej wizycie w Monte Carlo będziemy uczestniczyć w szalonym pościgu samochodowym. Kiedy po kraksie będziemy szukali Słonecznego Dysku po ulicach miasta, możemy zauważyć ulice nawiązujące do "Gwiezdnych Wojen" ("Boulevard des Guerres Etoiles" czyli "Bulwar Gwiezdnych Wojen") i cyklu "Monkey Island" ("Avenue des Trois Bois" czyli "Aleja Trzech Lasów", co jest odniesieniem do nazwiska Threepwood).

Nieformalny tytuł gry to Indiana Jones 4. Numeracja ta nie odnosi się jednak do serii gier, ale do filmów. Wcześniej bowiem LucasArts wydało tylko jedną przygodówkę o słynnym poszukiwaczu przygód - Indiana Jones and the Last Crusade: The Graphic Adventure, która była wierną komputerową adaptacją trzeciej części filmowego cyklu, w związku z czym nazywano ją Indiana Jones 3. Fate of Atlantis to już oryginalny, nie-filmowy scenariusz, stworzony przez Hala Barwooda.

Gra początkowo ukazała się w wersji dyskietkowej, ale z czasem wydano także w pełni "ugłosowioną" wersję CD. Głosu Indianie użyczył tam Doug Lee, a Sophia przemawia głosem Jane Jacobs.

Pomiędzy 1993 i 1995 rokiem prowadzone były prace nad kontynuacją gry pod tytułem Indiana Jones and the Iron Phoenix, początkowo przez samo LucasArts, z czasem zadanie to powierzono kanadyjskiemu studiu Strategy First. Fabuła miała był osadzona w powojennych realiach i opowiadać o zakamuflowanych w Boliwii nazistach, którzy pragną odnaleźć Kamień Filozoficzny i wskrzesić Fuhrera. Prace nad grą zarzucono, między innymi z powodu zakazu przekazywania treści i symboli nazistowskich w produktach dla dzieci obowiązującego w Niemczech, które były jednym z ważniejszych przygodówkowych rynków w tamtym czasie. Wydana została jednak 4-zeszytowa miniseria komiksów, choć jej treść w pewnych fragmentach odbiega od stworzonej przez LucasArts fabuły gry.

Niedługo po wstrzymaniu prac na "Żelaznym Feniksem" LucasArts rozważało wydanie kolejnej przygodówki ze sławnym archeologiem. Gra miała nosić tytuł Spear of Destiny i nawiązywać do legendarnej Włóczni Longinusa, którą przebito bok Chrystusa. Projekt jednak szybko zarzucono, a licencję na Indianę Jonasa postanowiono na przyszłość wykorzystywać już tylko w grach akcji. Także i w tym przypadku scenariusz po części wykorzystano do wydania czterech komiksów z Indianą w roli głównej.