Agharta to mityczne królestwo leżące pod ziemską skorupą, którego stolicą miała być Szambala. Tybetańskie słowo "Agharti" oznacza "podziemne królestwo we wnętrzu Ziemi, gdzie włada król wszystkich światów". Ma być to ludny, spokojny świat bez zbrodni i zepsucia, a jego mieszkańcy dysponują najwyższą wiedzą i wejrzeniem do ludzkich dusz. Jednym z najwybitniejszych badaczy kulturowego fenomenu Agharty był nasz rodak, doktor Ferdynand Ossendowski.
W pewnym momencie gry napotykamy na ziejącą w ziemi wielką dziurę, a na prowadzącym przez nią pomoście możemy zobaczyć tabliczkę z napisem "Eksperyment Tokio - 1 września 1923". To nie tylko klamra spinająca wydarzenia w grze (z intra dowiadujesz się, że jako jedyny pilot nie załapałeś się na kontrakty dotyczące pomocy humanitarnej dla mieszkańców Tokio, którzy stracili cały dobytek w wyniku trzęsienia ziemi), ale i nawiązanie do rzeczywistych wydarzeń. Tego właśnie dnia gigantyczne wstrząsy o sile 8,3 w skali Richtera oraz towarzyszaca im 11-metrowa fala tsunami zniszczyły 2/3 powierzchni Tokio i zabiły przeszło 140 tys. ludzi. Dla uczczenia pamięci o nich 1 września ustanowiono Dniem Zapobiegania Klęskom Żywiołowym.
